El alma unida con el cuerpo es consciencia, conoce lo que le ocurre al cuerpo, y se da cuenta de este conocimiento. Como el cuerpo es un mecanismo, si no hubiera alma no habría consciencia, ni voluntad ni razón. La presencia del alma racional establece la diferencia radical entre el hombre y los animales, que son autómatas, máquinas carentes de espíritu. La unión entre el alma y el cuerpo que hace posible la unión entre ambos, se verifica en el cerebro, en la glándula pineal. En el Tratado de las pasiones del alma, distingue las acciones de las pasiones. Las acciones dependen de la voluntad, las pasiones son involuntarias, son percepciones, sentimientos, emociones causadas en el alma por los espíritus vitales, es decir, por las fuerzas mecánicas que actúan en el cuerpo, aunque el alma los refiere a sí misma; nuestra alma cree que las pasiones surgen de ella misma.
Descartes señala seis pasiones fundamentales: la admiración es el puente que une la pura intuición intelectual y la pasión, es la emoción intelectual; de ella nacen el amor, el odio, el deseo, la alegría y la tristeza. De estas pasiones fundamentales se derivan otras como el aprecio, el desprecio, etc.
El hombre debe guiarse en la medida de lo posible, no por las pasiones, sino por la experiencia y la razón. El progresivo dominio de la razón le hace más libre y dueño de su voluntad. Ésta es para Descartes la característica más importante de la moral.
